Die Vortex, der beinahe unbesiegbare, geheime und überaus gefährliche Feind scheint so weit weg.

Vor nicht allzu langer Zeit wurde Eccos Familie von Monstern aus der Home Bay vertrieben. Damals begab sich Ecco in für ihn unbekannte Gewässer, um sich einer Bedrohung entgegenzustellen, die sich von den Meeresbewohnern ernährte. Jedoch wurde die Königin Vortex nicht zerstört, sondern nur geschwächt und so folgte sie Ecco von ihrem Stock aus zu Eccos neuem, nahrhaften Planeten. Hier taucht sie in die warmen Wasser der Erde, sucht sich einen tiefen Abgrund zum niederlassen und gebährt Vortex-Nachwuchs, während sie sich von der Erde nährt.

Je stärker ihr Hunger ansteigt, desto stärker erzeugt sie eine Tiefenströmung, gegen die kleinere Fische vergebens ankämpfen. Sie kreiert eine neue Rasse von Vortex und ihre Anwesenheit auf der Erde ist ein Vorzeichen des Untergangs aller Lebewesen! Ecco muss die Welt von diesem verschlingenden Bösen befreien. Während er sich durch die Wellen schlägt, rückt die Zukunft näher. Wird es eine dunkle Zukunft unter der Herrschaft der Vortex geben - ohne Leben, elend und kalt? Gibt es noch eine Chance für die Erde?

Ecco muss die Vortex aufhalten! Er kann den Verlauf der Geschichte verändern. Ihm steht seine gefährlichste Aufgabe bevor, denn es steht nicht nur seine Schule, sondern die Erde mit all ihren lebenden Bewohnern auf dem Spiel!